蜂蜜的色泽与蜜蜂采集的蜜源种类直接相关，由不同蜜源植物花蜜酿制成的蜂蜜，色泽有明显的差别（如图示）。研究证明，天然蜂蜜的颜色深浅取决于其矿物质含量和其他微量物质，颜色越深，矿物质含量越高。 


传统上认为，蜜色越浅，质量越好，较适合家庭日常食用。但是，现代西方研 究发现，深颜色的蜂蜜，含有更多的对人体有益的物质，如：蛋白酶、氨基酸、铁、钙、磷等，在最深色的蜂蜜如麦卢卡（MANUKA）、苦荞麦蜜等中，发现多种植物酚类物质（Phenolics），而科学界最新研究证明，酚类物质是对人体最有效的抗氧化剂（Anti-Oxidant）。因此，近年来，颜色深的蜂蜜成了国际市场上的新宠，产量少，市场供不应求。